足利義滿死後，遵照其遺願，金閣殿改成禪寺，稱為鹿苑寺。在這之後有所謂的「應仁之亂」，寺院許多地方都被焚燬，金閣殿則逃過一劫。1950年時，一位僧人放火燒了金閣寺，三島由紀夫所寫的「金閣寺」就是以這個史實來作為題材。
1955年金閣寺仿照原先的建築重建完成，這就是我們現在看到的金閣寺。1994年聯合國教科文組織指定金閣寺為世界文化遺產之一，因此這裡除了是日本的國寶之外，也是聞名全球的歷史古蹟。
金閣寺的腹地不是很大，資料上寫說它有九萬平方公尺，不過它比銀閣寺跟清水寺都來的小。參觀金閣寺之前，需要購票入場，門票是四百塊日幣，有趣的是，這邊的票是一張平安符。不但有紀念價值，還有保平安的意念，非常特別。
金閣寺的主殿位於鏡湖的旁邊，主殿一共有三層，第一層是法水院，第二層是潮音洞，第三層是究竟頂，在屋頂上有個鳳凰的圖騰，這是足利義滿的家族象徵。從第一層到第三層，都有建築時代上的意義。法水院是延續平安時期寢殿的風格格；潮音洞則是鐮倉時期的武士建築風格；究竟頂則參考唐朝時禪宗佛殿建築的風格，因此金閣寺的主殿包含了建築上的特殊意義。
